单位层面建设是业务层面建设的基础，如果说业务层面是“花”，那么单位层面就是“土”。其中，组织架构是单位层面建设的基础，所以，单位应该首先要做的工作就是清晰界定各部门的职责、权限、工作内容、隶属关系等等。
与企业不同，单位内部机构的设置是由“三定”规定依法确定的，单位根据国家赋予的职能和内部控制的目标，结合各项具体工作的内容、性质及其之间的关系，在横向上设置各内设机构，包括办公室、人事科、财务科等等。在纵向上划分管理层次，地市级和县区级的单位一般可分为三个层级：领导班子、各科室负责人、基层岗位人员，确定各科室之间的分工协作关系及责任边界，从而构建一种科学、规范、合理的组织架构模式。 单位组织架构的设计一般遵循以下原则：
一、制衡性原则
单位明确内部控制的决策机构、执行机构和监督机构，合理分配各机构权责，形成三权分离、互相制衡的工作机制，同时确保监督机构的相对独立性。很多单位将财务科设定为政府采购业务的牵头部门，这在一定程度上违反了制衡性原则，我们认为设定办公室为牵头部门更为妥当。
二、适应性原则
根据现有组织机构设置和编制情况，结合单位实际，采取建立联合工作小组等方式，灵活设计和确定符合《内部控制规范》要求的牵头部门和关键岗位人员。内控建设这项工作比较复杂，一般情况下，地市、区县级单位任何一个部门都难以独立承担这个责任，所以最好是采取建立内控工作小组的方式。
三、协同性原则
内部控制建设工作要确保组织架构设计立足于实现单位实际和内部控制目标，全面考虑经济业务活动的决策、执行和监督全过程。对于重要经济业务活动和经济业务活动的重大风险，在进行组织架构设计时要作出重点安排，合理设置主责部门和配合部门，提高内部控制协同性，降低内部控制成本。比如，政府采购是高风险业务，设定办公室牵头并不是说其他部门就没有责任了，办公室主要履行拟定制度、审核和监督等职责，采购申请部门、采购执行部门和财务部门都应该明确各自的责任，在《内部控制手册》中应清晰的界定。
这里所称组织架构是基于内部控制建设需求的设计，主要内容是决策机构、执行机构和监督机构的设置以及三者之间的权责分配。决策机构是单位的权力中心，设计是否合理直接决定内部控制的运行效果；执行机构是决策的具体承办部门，设计是否合理直接影响内部控制的执行效率；监督机构是约束决策机构和执行机构正常运行的关键，是单位内部控制得以有效实施的重要保障。决策机构就是局党组会、局长办公会等，执行机构是各科室，监督机构比较难以设定，因为现在地市、区县级单位“三定”规定中一般都不会有独立的审计、纪检科室，我们建议单位可以采取成立评价与监督小组的变通方式予以解决。
根据《指导意见》“坚持全面推进”基本原则的要求，内部控制应覆盖单位经济业务活动的全范围，贯穿内部权力运行的决策、执行和监督全过程，规范单位内部各层级的全体人员，注意，是“全体人员”。因此，依据《中国共产党章程》、《中华人民共和国工会法》等相关法规设立的党群组织也在内部控制的范围之内，有些单位有工会、团委等独立设置的科室，但“三定”规定中没有体现，这些科室和人员也应该在内控的范围之内，因为这些科室是内控的执行部门，比如差旅费报销等。
《内部控制规范》第十三条指出：单位应当单独设置内部控制职能部门或者确定内部控制牵头部门，负责组织协调内部控制工作。同时，应当充分发挥财会、内部审计、纪检监察、政府采购、基建、资产管理等部门或岗位在内部控制中的作用。 这段话包含几层意思：内控是一项全员全系统的工作，涉及到单位各科室、各岗位人员，大家都负责其实就是都不负责，所以要设定一个主责部门，这个主责的部门可以是独立的职能部门，如果这个部门只负责内控，其他啥事都不管，在行政事业单位应该是没有这样的部门，在企业有，一般叫内控部，或者风控部。单位如果没有这样的专职职能部门，那就在现有部门中确定一个牵头部门，绝大多数单位选择的是财务部门。除了牵头部门主责，其他所有部门都是配合部门，比如负责资产、基建、合同的部门等部门。纪检监察部门独立于牵头部门，发挥内控审计、纪检监察的职能作用。
为达到单位内控体系设计与《内控规范》符合性的要求，我们在《内部控制手册》中一般这样设计：
一、内部控制建设工作牵头部门
财务科是单位内部控制建设工作的牵头部门，具体负责组织协调单位内部控制建设开展和提升工作。主要职责：组织梳理单位各类经济活动的业务流程，明确业务环节，系统分析经济活动风险，确定风险点，选择风险应对策略，在此基础上根据国家有关规定建立健全单位各项内部管理制度并督促相关人员认真执行等。
二、内部控制建设工作主要参与部门
1、办公室、人事科是单位内部控制建设工作的主要配合部门，负责配合财务科开展单位内部控制建设工作。主要职责：依照国家有关法律、法规及单位内部控制管理制度，在本科室职能范围内组织协调其他科室参与内部控制制度的建设，协助财务科组织梳理单位相关经济活动的业务流程，督促相关科室及人员认真执行等。
2、××科等业务科室是单位内部控制建设工作的参与部门，负责配合财务科推进单位内部控制建设工作。主要职责：依照国家有关法律、法规及单位内部控制管理制度，参与内部控制制度的建设，协助财务科组织梳理本科室经济业务活动流程，督促所属人员认真执行等。
三、内部控制建设工作评价与监督部门
××科是内部控制评价与监督工作的牵头部门，负责组织和协调对单位内部控制建立与实施情况开展自我评价和内部监督检查工作，对单位内部控制的完善性、有效性等做出评价，编制《内部控制自我评价报告》。绝大多数单位都找不出承担监督职能的“××科”，我们建议单位成立评价与监督小组，小组负责人为分管单位纪检或党建工作的分管领导，注意，这个小组的负责人不能是单位的“一把手”。
“三定”规定是单位的法定文件，但编委在编制“三定”时是不会考虑单位内控建设需求的。因此，单位需要在充分理解《内部控制规范》原则要求的前提下，结合“三定”及单位实际，设计符合规范要求的、适合单位的内部控制组织结构，划分和明晰相关内控职责。
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