1.直接费用预算科目由9个变为3个。
原：设备费、材料费、测试化验加工费、燃料动力费、差旅/会议/国际合作与交流费、出版/文献/信息传播/知识产权事务费、劳务费、专家咨询费、其他支出。
新：设备费、业务费、劳务费。
2.预算调整权全部下放给项目承担单位和科研人员。
原：设备费调增由项目管理部门审批，其他预算调整由项目承担单位审批。
新：设备费调整由项目承担单位审批，其他预算调整由项目负责人自主安排。
3.扩大经费使用包干制实施范围。
原：在国家杰出青年科学基金等中实施经费使用包干制试点，无需编制项目预算。
新：在人才类和基础研究类科研项目中推行经费包干制。
4.结余资金不收回。
原：项目结余资金2年内由项目承担单位统筹安排使用，用于科研活动的直接支出；2年后仍有剩余的，退回项目管理部门。
新：项目结余资金留归项目承担单位使用，优先考虑原项目团队科研需求。
5.提高间接费用比例。
原：500万元以下的20%，500-1000万元的15%，1000万元以上的13%。
新：500万元以下的30%，500-1000万元的25%，1000万元以上的20%。数学等纯理论基础研究项目，进一步提高到60%。间接费用可全部用于绩效支出。
6.住房公积金纳入劳务费开支范围。
原：劳务费是指在项目研究过程中支付给参与项目研究的研究生、博士后、访问学者以及项目聘用的研究人员、科研辅助人员等的劳务费用，以及项目聘用人员的社会保险补助费用。
新：由单位缴纳的社会保险补助、住房公积金等纳入劳务费科目列支。
7.动态调整绩效工资总量。
原：间接费用绩效支出纳入项目承担单位绩效工资总量控制。
新：中央高校、科研院所、企业结合本单位发展阶段、类型定位、承担任务、人才结构、所在地区、现有绩效工资实际发放水平、财务状况特别是财政科研项目可用于支出人员绩效的间接费用等实际情况，向主管部门申报动态调整绩效工资水平。
8.全面配备科研财务助理。
原：项目承担单位要建立健全科研财务助理制度，为科研人员在项目预算编制和调剂、经费支出、财务决算和验收等方面提供专业化服务。
新：项目承担单位要确保每个项目配有相对固定的科研财务助理。
9.合并财务验收和技术验收。
原：财务验收和技术验收都通过，项目验收才通过。
新：合并财务验收和技术验收，在项目实施期末实行一次性综合绩效评价。
10.科研仪器设备采购可不进行招投标。
原：中央高校、科研院所可自行采购科研仪器设备，自行选择科研仪器设备评审专家。对中央高校、科研院所采购进口仪器设备实行备案制管理。
新：简化科研仪器设备采购流程，对科研急需的设备和耗材采用特事特办、随到随办的采购机制，可不进行招标投标程序。
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